El Convento de Nuestra Señora de la Concepción de Beja, ubicado en la Freguesia de Salvador, pertenecía a la Orden de los Hermanos Menores, ya la Provincia de los Algarves.
En 1459, fue fundado y concedido licencia para su institución por dos breves de Pío II
En el centro de la ciudad, fue erigido junto al Palacio de los Infantes, en el centro de la ciudad, comenzó a construirse por iniciativa del duque de Beja, el infante D. Fernando (hermano de D. Alfonso V) y de su esposa, Beatriz, primeros duques de Beja, padres de D. Manuel.
En 1461, recibió el oratorio de Santa Victoria.
En 1463, ya las terceras habían hecho profesión en la Orden de Santa Clara.
En 1469, el convento se encontraba prácticamente concluido, recibió la invocación de Nuestra Señora de la Concepción de María Santísima, y la regla urbanista, como se muestra en la bula del 21 de diciembre de ese año, concedida por el papa Pablo II.
En 1505, por intervención de la duquesa de Beja llevó a que, a pesar de la dirección observante, el convento se haya convertido en panteón de la familia ducal.
Con el fin de las órdenes religiosas el convento entró en decadencia y estuvo al borde de la ruina.
En 1895, fue demolido el Paço dos Infantes, que se encontraba anexo al convento, y parte del área conventual. En esa ocasión fue posible reconstruir parcialmente el convento.
El 5 de octubre de 1927 se da la apertura del Museo Regional de Arte y Arqueología en el edificio del Monasterio de Nuestra Señora de la Concepción que lo ocupa hasta los días de hoy.
